Trong quá trình thực thi cam kết về phòng vệ thương mại và giải quyết tranh chấp, khi các kết luận và khuyến nghị không được thi hành, cần lưu ý như sau:
Nếu bên phải thi hành các kết luận và khuyến nghị không sửa đổi các biện pháp của mình cho phù hợp với các nghĩa vụ trong ASEAN trong thời hạn hợp lý, bên khởi kiện có quyền sử dụng các biện pháp tạm thời, có thể là đền bù hoặc tạm ngừng ưu đãi. Tuy nhiên, các biện pháp này không được ưu tiên áp dụng hơn việc thi hành đầy đủ khuyến nghị sửa đổi biện pháp vi phạm nhằm tuân thủ hiệp định liên quan.
Nếu việc thi hành các kết luận và khuyến nghị không đạt được sự tuân thủ hoàn toàn sau khi kết thúc thời hạn 60 ngày ( hoặc thời hạn do các bên thỏa thuận) theo quy định tại Điều 15, bên thi hành phải đàm phán với bên kia nhằm thống nhất mức đền bù thỏa đáng. Đền bù là tự nguyện và phải phù hợp với các hiệp định thuộc diện điều chỉnh của Nghị định thư.
Thời hạn tối đa để các bên đạt được thỏa thuận về đền bù là 20 ngày, kể từ ngày kết thúc thời hạn thi hành kết luận và khuyến nghị. Sau khi kết thúc thời hạn mà các bên không đạt được thỏa thuận về đền bù thì bên khởi kiện, đồng thời là bên có quyền lợi bị vi phạm, có thể yêu cầu Hội nghị Quan chức cao cấp về kinh tế ASEAN (SEOM) cho phép tạm ngừng ưu đãi hoặc các nghĩa vụ khác, theo các hiệp định của ASEAN. Nếu các bên có yêu cầu, SEOM có 30 ngày, kể từ ngày kết thúc thời hạn thi hành kết luận và khuyến nghị, để cho phép tạm ngừng ưu đãi.
Bản chất của việc tạm ngừng ưu đãi hoặc các nghĩa vụ khác, chính là hành động trừng phạt thương mại, nhằm trả đũa đối với việc bên kia tiếp tục vi phạm các nghĩa vụ đã cam kết ( thể hiện ở sự không sửa đổi, hoặc sửa đổi không đầy đủ biện pháp vi phạm).
Việc tiến hành trả đũa phải được sự cho phép của Hội nghị Quan chức cao cấp về kinh tế ASEAN (SEOM) và mức độ tạm ngừng ưu đãi phải tương đương với mức độ quyền lợi bị mất mát hoặc tổn hại.
Việc xác định những ưu đãi và nghĩa vụ bị tạm ngừng phải tuân theo một số nguyên tắc và trình tự nhất định, được quy định tại khoản 3 Điều 16 Nghị định thư.
Về cơ bản, các trừng phạt phải được áp dụng trong cùng lĩnh vực đã phát hiện vi phạm hoặc có sự mất mát hay tổn hại quyền lợi, tuy nhiên, nếu việc trả đũa trong cùng lĩnh vực là không thực tế và không hiệu quả thì có thể áp dụng trừng phạt trong một lĩnh vực khác trong cùng một hiệp định; hoặc nếu điều này cũng không thực tế, không hiệu quả và tình hình thực sự nghiêm trọng thì có thể thực hiện trả đũa theo một hiệp định khác.
Nếu các bên không thống nhất về hình thức trả đũa do bên khởi kiện đề xuất thì có thể đề nghị phân xử bằng trọng tài. Sự không thống nhất có thể xuất phát từ việc mức độ trà đũa có tương đương với mức độ thiệt hại không, hay các nguyên tắc và thủ tục để xác định mức độ trả đũa có được tuân thủ không.
Việc phân xử bằng trọng tài có thể được thực hiện bởi Ban Hội thẩm ban đầu, hoặc bởi một trọng tài viên, do Tổng Thư ký ASEAN chỉ định, trong trường hợp Ban Hội thẩm ban đầu không thể tham gia.
Thời hạn để hoàn thành phân xử trọng tài theo quy định tại Nghị định thư là 60 ngày, sau khi hết thời hạn thi hành kết luận và khuyến nghị, và không được phép tạm ngừng ưu đãi trong thời gian giải quyết bằng trọng tài.
Quyết định của trọng tài là chung thẩm và các bên không được yêu cầu trọng tài khác xem xét lại vấn đề.
Nghị định thư quy định SEOM sẽ được thông báo ngay về quyết định của trọng tài và trên cơ sở yêu cầu, sẽ cho phép tạm ngừng các ưu đãi, nếu yêu cầu đó phù hợp với quyết định của trọng tài, trừ khi SEOM đồng thuận quyết định bác bỏ yêu cầu đó.
